Das Muraltengut wird 1782 von Johannes Werdmüller im spätbarocken Stil erbaut. 1844 rückt die Seestrasse hangseitig dem Gebäude näher, 1872 verliert das Muraltengut mit dem Bau der linksufrigen Zürichseebahn seinen Seeanschluss. 1906 setzt mit dem Tod des Besitzers Robert von Muralt der eigentliche Niedergang des Hauses ein: Der Herrschaftssitz wird in mehrere Wohneinheiten aufgeteilt, „eine unerfreuliche Mietskaserne“ entsteht, in der Erdgeschosshalle wird sogar eine Schreinerei eingebaut.
1924 steht der Abbruch des Muraltengutes zur Diskussion, da die Seestrasse verbreitert werden muss. Martin Bodmer, Sammler und Mäzen, kauft daraufhin das Muraltengut und beauftragt den Architekten Johann Albert Freytag mit den umfangreichen, sorgfältigen Umbau-und Renovationsarbeiten.
1943 erwirbt die Stadt Zürich das Muraltengut als Repräsentationsgebäude. „Nach einem städtischen Wettbewerb für „neuen künstlerischen Schmuck“ erstellen Alois Carigiet, später Ernst Morgenthaler und Lissy Funk Gemälde für das Haus. 1961 wird ein Rosengarten eingebaut. Die Pflanzen stammen aus der legendären Gartenausstellung G | 59. 1970 erhält das Gebäude bei der Aussensanierung seinen „rustikalen Ockerfarbton“.
1999 erarbeitete das Zürcher Architekturbüro Silvio Schmed, gestützt auf die Befunde vor Ort eine farbliche Neufassung für die Sanierung der Innenräume und im Frühjahr 2004 wurde das Konzept der Innensanierung auf die anstehende Aussensanierung der Fassaden und des Gartens übertragen. Innenraum, Gebäudehülle und Garten wurden wieder zu einer gestalterischen Einheit. 2007 wurde die Parkanlage durch Grün Stadt Zürich saniert.